Milaim Zeka është i martuar me Edlira Gjoni. Ajo është gazetare dhe profesoreshë e njohur nga Shqipëria, e angazhuar në çështje të medias dhe komunikimit.
Bashkëshortja e tij është përfshirë shpesh në tema të rëndësishme sociale dhe ka pasur një karrierë të suksesshme në fushën e saj.
Ata janë një çift që shquhen për lidhjen e tyre të ngushtë dhe për mbështetjen reciproke, shkruan “Kosovarja”.
Milaimi shpesh e përmend të shoqen në televizion, e në jetë i rri aq gati sa ja ndez edhe cigaren.